Samofakturowanie w KSeF: administracja skarbowa wymaga uzgodnienia treści faktury przed jej wysłaniem do systemu

Skarbówka konsekwentnie stoi na stanowisku, że treść faktury wystawianej w ramach samofakturowania musi być uzgodniona między stronami jeszcze przed jej wprowadzeniem do KSeF. Wdrożenie obowiązkowego KSeF nie zmieniło tej zasady – zmieniła się jedynie forma dokumentu.

Co się zmienia

Jak podaje Rzeczpospolita (aktualizacja z 8 lipca 2026 r.), administracja skarbowa konsekwentnie twierdzi, że strony transakcji dokumentowanej samofakturowaniem powinny uzgodnić treść faktury przed jej wprowadzeniem do KSeF. Faktura ustrukturyzowana w formacie XML (schemat FA(3)) zawiera co prawda pole odnoszące się do samofakturowania, ale nie zawiera pola wprost potwierdzającego, że treść została uzgodniona między kontrahentami. Nie zwalnia to jednak stron z obowiązku przeprowadzenia tego uzgodnienia – system jedynie rejestruje i nadaje numer KSeF dokumentowi, który jest uznany za wystawiony dopiero z chwilą jego przyjęcia przez KSeF.

Co to oznacza dla Twojej firmy

Samofakturowanie (wystawianie faktury przez nabywcę w imieniu sprzedawcy) to praktyka stosowana w wielu branżach – np. w handlu komisowym, usługach agencyjnych czy przy rozliczeniach z podwykonawcami. Jeśli Twoja firma korzysta z tego modelu lub jest stroną takiej umowy po stronie dostawcy, obowiązek KSeF nie zwolnił Cię z konieczności wcześniejszego uzgodnienia treści dokumentu ze swoim kontrahentem.

W praktyce oznacza to, że:

• Nabywca wystawiający fakturę (samofakturujący) musi przed wysłaniem dokumentu do KSeF uzyskać akceptację treści od sprzedawcy – w formie przyjętej między stronami (e-mail, protokół, system workflow).
• Sprzedawca powinien mieć wgląd w treść faktury i możliwość jej zakwestionowania, zanim dokument trafi do systemu i otrzyma numer KSeF.
• Faktura wystawiona w KSeF bez uprzedniego uzgodnienia treści może być kwestionowana przez organ podatkowy jako wystawiona niezgodnie z przepisami.

Warto przy tym pamiętać, że faktura ustrukturyzowana jest uznana za „wystawioną" dopiero z momentem nadania jej numeru KSeF – czyli po akceptacji przez system. Oznacza to, że wszelkie uzgodnienia muszą nastąpić przed, a nie po wysłaniu dokumentu do KSeF.

Dlaczego to ważne właśnie teraz

Od 1 kwietnia 2026 r. KSeF jest obowiązkowy dla większości przedsiębiorców (firmy z miesięczną sprzedażą powyżej 10 000 zł brutto). Praktyki, które funkcjonowały bez problemu przy fakturach papierowych lub PDF, wymagają teraz dostosowania do cyfrowego obiegu dokumentów. Samofakturowanie to jeden z obszarów, gdzie brak precyzyjnych procedur wewnętrznych może prowadzić do sporów z urzędem skarbowym – a od 1 stycznia 2027 r. także do sankcji finansowych.

Schemat FA(3) nie przewiduje odrębnego pola na potwierdzenie uzgodnienia treści. Oznacza to, że dowód uzgodnienia musi być przechowywany poza systemem – w dokumentacji firmy.

Jak się przygotować – checklista dla firm stosujących samofakturowanie

• Sprawdź umowy z kontrahentami – czy zawierają klauzulę samofakturowania i określają sposób uzgadniania treści faktury?
• Ustal procedurę zatwierdzania – e-mail, podpisany protokół lub dedykowany obieg w systemie finansowo-księgowym.
• Archiwizuj potwierdzenia uzgodnień poza KSeF, w dokumentacji podatkowej firmy.
• Poinformuj dział księgowości lub biuro rachunkowe o wymogach uzgadniania treści przed wysłaniem faktury do systemu.
• Przetestuj proces na kilku transakcjach, zanim stanie się on standardem operacyjnym.

Jeśli wystawiasz faktury ustrukturyzowane za pośrednictwem doFaktur, możesz zarządzać całym procesem – od przygotowania dokumentu po jego wysłanie do KSeF – z jednego miejsca. Szczegóły znajdziesz na stronie jak to działa oraz w centrum pomocy.

Źródło: Rzeczpospolita PRO, „Skarbówka o samofakturowaniu: Najpierw uzgodnienia, potem KSeF", aktualizacja 08.07.2026